NaProTECHNOLOGY zakłada też, a może przede wszystkim, zupełnie odmienne podejście filozoficzne do leczenia pacjentów z niepłodnością. NaProTECHNOLOGY widzi dziecko jako dar, w przeciwieństwie do uznawania prawa do dziecka, tak jak stwierdza to instrukcja Donum Vitae „prawdziwe i właściwe prawo do dziecka sprzeciwiałoby się jego godności i naturze. Dziecko nie jest jakąś rzeczą, która należałaby się małżonkom i nie może być uważane za przedmiot posiadania. Jest raczej darem, i to „największym”, najbardziej darmowym małżeństwa, żywym świadectwem wzajemnego oddania się jego rodziców…”

Pierwszą i bardzo ważną zaletą systemu, niezależnie od przyczyny dla której zastosowana ma być Naprotechnologia (niepłodność, postępowanie w ciąży zagrożonej, zaburzenia cyklu, nieprawidłowe krwawienia, inne choroby ginekologiczne, czy też po prostu rozpoznawanie płodności w celu czasowego odsunięcia możliwości poczęcia) , jest zaangażowanie pacjentki (pary małżeńskiej), w proces diagnostyczny i leczniczy . Przez ok. 3 miesiące małżeństwo jest przygotowywane przez nauczyciela do pierwszej wizyty lekarskiej. System zakłada standaryzację nauczania, prowadzenia obserwacji i rejestracji objawów (biomarkerów) oraz sprawdzania skuteczności.